Mantarlar, doğadaki madde döngülerinin kritik aktörleridir. Ölü organik maddelerin ayrıştırılmasından toprağın verimliliğine, bitki kökleriyle kurdukları mikorizal mutualizmlerden patojenik etkilerine kadar geniş bir etki spektrumuna sahiptirler. Çevre mühendisliği perspektifinden bakıldığında ise mantarların en önemli özelliği, birçok kirletici maddeyi dönüştürebilme potansiyelleridir.